Der Bahnhof Seifhennersdorf wurde am 1. November 1874 in Betrieb genommen
und war bis 1876 Endpunkt der Strecke. Für diesen Zweck bestand eine
Zeitlang ein Lokomotivschuppen mit Drehscheibe, der mit Fertigstellung der
Strecke über böhmisches Gebiet wieder abgerissen wurde.

Die Zweigstrecke wurde von der Sächsischen Staatsbahn gebaut sie wurde am
2. Januar 1868 bis Großschönau fertiggestellt am 15. August 1871 bis
Warnsdorf erweitert, welches damals zum österreichischen Böhmen und heute zu
Tschechien gehört. Von Eibau kommend erreichte der Schienenweg am 1.
November 1874 Seifhennersdorf.

Der Schienenweg von Seifhennersdorf nach Warnsdorf verzögerte sich da der
Grunderwerb auf österreichischem Territorium sich als schwierig erwies so
dass die Nutzung der Verbindung erst zum 15. September 1876 möglich wurde.

Das noch heute bestehende Empfangsgebäude ist ein sächsischer Typenbau, der
1907 noch einmal beträchtlich erweitert wurde. In seiner größten Ausdehnung
vor dem Zweiten Weltkrieg besaß Seifhennersdorf acht Gleise mit 21 Weichen,
dazu kamen drei private Anschlussgleise. Die Reduzierung der Anlagen begann
nach 1945 im Zuge der Reparationsleistungen für die Sowjetunion, denen
Gleis 4 und einige Weichenverbindungen zum Opfer fielen.

1980 ersetzte ein EZMG-Stellwerk mit Lichtsignalen die mechanische
Stellwerkstechnik. Da noch unter der Deutschen Bundesbahn als Betreiber die
Schrankenanlage am Bahnübergang Nordstraße vor dem Bahnhof Seifhennersdorf
abgebaut worden war, errichtete die DRE vor dem Bahnübergang einen
Behelfsbahnsteig, um kurzfristig eine finanzierbare Wiederinbetriebnahme
der Strecke von der Staatsgrenze bis nach Seifhennersdorf zu ermöglichen.
Der Behelfsbahnsteig wurde im Zuge der Arbeiten für die Wiederinbetriebnahme
der Strecke abgebaut und eine provisorische Lichtsignalanlage ermöglicht
seit  Juni 2023 wieder die Einfahrt in den Seifhennersdorfer Bahnhof.

Am 01. 11.2024 begeht der Seifhennersdorfer Bahnhof sein 150-jähriges
Jubiläum.
Im Wandel der Zeiten hat der Seifhennersdorfer Bahnhof 2 Weltkriege
überlebt. In der DDR galt der Bahnhof als Selbstverständlichkeit, von der
aus die meisten Menschen mit dem Zug zur Arbeit fuhren.
Selbst der durch Brandstiftung entstandene verheerende Brand am 31.05.2023
hat glücklicherweise nur den Mittelteil stark beschädigt.
Den Bahnhof selbst konnte auch dieser Brand nicht zu Fall bringen.